明治天皇は、宮地を和歌・蹴鞠の公卿宗家「飛鳥井家」の邸宅地跡に求められ、慶応4年（明治元年）9月6日、社殿を現在地に新造。明治6年に第47代淳仁天皇の御神霊を淡路島南端の御陵からお移して、御併祀になりました。

また、当神宮には「まり」の守護神として「精大明神（せいだいみょうじん）」が祀られています。「精大明神」は蹴鞠・和歌の宗家である公卿・飛鳥井家が代々守護神として邸内にお祀りしてきたものです

そのために、今では「まりの神様」として崇敬され、日本サッカー協会をはじめ各種スポーツにおいて、球技の方が多く訪れます。

けまりは、ボールを落とさない事・落ちない事から、勉学の神 白峯天神様のご利益が学力を落とさない・試験に落ちないなどと縁起が良いとされています。

その他境内各所に祀られている神々は

①武道の神「伴緒社」（とものうしゃ）

②縁結び、水の神「潜龍社」（せんりゅうしゃ）

③魔除・厄除の神「柊大明神」柊護符（ひいらぎごふ）を節分の時季に限り戴ける。

また、「飛鳥井家」とあるように手水舎の飛鳥井は、清少納言が『枕草子』168段に、九つの名水の中にあげてほめ讃えています。井戸からは滾々と尽きることのない水が昼夜をとわず湧き出ており、

．春は名木の鬱金（ウコン）之桜、含笑花(ガンシュウゲ)の花の薫香（くんこう）

．夏は天然記念物指定の小賀玉（おがたま）の大樹、

．季節を問わず黄金色の三葉の葉を落とす三葉之松など霊木のつくる緑陰

西陣は、地下に岩盤がありその下を通る水はすこぶる良いとされています

お茶の三千家も近くにあり、水のきれいはどこにも負けません

冨田屋の井戸も名水とされ、金の井戸、銀の井戸と名受けられ、金閣寺銀閣寺の間にある西陣の象徴でもあります　何百年も絶やすことなく沸きつづけています

金の井戸は、神様のお水として毎朝使われ、銀の井戸は、家の中のことに使われています